Phenotypic and genotypic characterization of oxacillin-susceptible and mecA positive Staphylococcus aureus strains isolated in Uruguay / Caracterización fenotípica y genotípica de cepas de Staphylococcus aureus sensibles a oxacilina y mecA positivas aisladas en Uruguay

Abstract The aim of this study was to characterize phenotypically and genotypically 27 mecApositive Staphylococcus aureus strains with oxacillin MICs of ≤2 g/ml by Vitek 2, isolated indifferent regions of Uruguay. Susceptibility to oxacillin and cefoxitin was studied by gradient dif-fusion, disk diffusion to cefoxitin, and Phoenix and MicroScan systems. PBP2a was determined.SCCmec typing was performed and the isolates were compared by PFGE. Twenty-six isolateswere susceptible to oxacillin; one strain was susceptible to cefoxitin by disk diffusion and 3strains by gradient diffusion. Phoenix and MicroScan panels detected methicillin resistance in25 and 27 strains, respectively. Twenty-six strains tested positive for PBP2a. Twenty-six strainscarried SCCmec V and 24 belonged to pulsotype A. One strain carried SCCmec IV and did notbelong to pulsotype A. Cefoxitin disk diffusion test and PBP2a detection correctly identified 26of these 27 strains as MRSA. PFGE results suggest the dissemination of a cluster of MRSA carryingSCCmec V.

Resumen El objetivo de este estudio fue caracterizar fenotípicamente y genotípicamente 27 cepas de Staphylococcus aureus positivas para mecA y con CIM de oxacilina <2 pg/ml según Vitek 2, obtenidas en diferentes regiones del país. La sensibilidad frente a la oxacilina y la cefoxitina se estudió por difusión en gradiente, por disco-difusión (cefoxitina) y por los sistemas Phoenix y MicroScan. Se analizó la portación de PBP2a, se realizó la tipificación de SCCmec y las cepas se compararon mediante PFGE. Resultaron sensibles a oxacilina por difusión en gradiente 26 cepas; una fue sensible a cefoxitina por disco-difusión y 3 lo fueron por difusión en gradiente. Los sistemas Phoenix y MicroScan detectaron resistencia a meticilina en 25 y 27 cepas, respectivamente. Asimismo, 26 cepas portaban PBP2a y 26 cepas mostraron presencia de SCCmec V, 24 correspondieron al pulsotipo A. Una portaba SCCmec IV y no perteneció al pulsotipo A. La prueba de disco-difusión con cefoxitina y la detección de PBP2a identificaron 26 de 27 cepas como MRSA. La PFGE sugiere la diseminación de un grupo MRSA con SCCmec V. © 2022 Asociación Argentina de Microbiología. Publicado por Elsevier Espana, S.L.U. Este es un artículo Open Access bajo la licencia CC BY-NC-ND (https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).

Enfermedades invasoras por Streptococcus pyogenes en población pediátrica. Caracterización clínico-molecular 2014-2020

Introducción: Streptococcuspyogenes (EGA) es agente de enfermedad invasora (EI); su alta morbimortalidad exige vigilancia epidemiológica. Objetivo: Describir características clínicas y epidemiológicas de niños hospitalizados con EI por EGA en un centro de referencia de Uruguay del 1/1/2014 al 31/12/2020 incluyendo el estudio de los factores de virulencia encontrados en las cepas aisladas. Materiales y Métodos: Descriptivo y retrospectivo. Definición de caso: aislamiento de EGA. en sitios estériles. Variables: epidemiológicas, clínicas, laboratorio, tratamiento y evolución. Se tipificó por secuenciación del gen emm. Se obtuvieron perfiles cromosómicos por digestión del ADN con la enzima SmaI. Presencia de los genes que codifican SpeB, SpeA, SpeC y Ssa, y susceptibilidad a antimicrobianos. Resultados: Tasa de admisiones: 3,98/10.000. Se incluyeron 22 pacientes; infección osteoarticular (n = 11), infección pleuropulmonar (n = 6), absceso no cutáneo (n = 4) y aislamiento en sangre (n = 1). Media de edad: 44 meses; 8 fueron graves, siendo su media de edad menor (16 meses) Todas los casos con neumonías fueron graves y un paciente falleció. Se secuenciaron 12 cepas: 5 emm1 (4 emm 1.29 y 1 emm 1) y 1 de cada uno de los siguientes: emm 6.4, emm 81, emm12, emm28, emm 22, emm 87, emm 11. Todas eran SpeB+. Perfiles de toxinas: SpeA+SpeC-Ssa-(5), SpeA-SpeC+Ssa-(4) SpeA-SpeC-Ssa-(2) y SpeA-SpeC+Ssa+ (2). Conclusiones: Este estudio permite dar continuidad a un estudio previo. Se logró mayor tipificación de EGA. que puede contribuir a su conocimiento clínico molecular. No hubo registro de pacientes con diagnóstico de SST ni de fascitis necrosante, a diferencia de la serie anterior.

Background: Streptococcus pyogenes (GAS) is an agent of invasive disease (ID); its high morbidity and mortality requires epidemiological surveillance. Aim: To describe the clinical and epidemiological characteristics of children hospitalized with ID due to GAS in a reference center in Uruguay from January 1-2014 to December 31-2020, including a study of virulence factors. Methods: Descriptive and retrospective. Case definition: Isolation of GAS in sterile sites. Variables: epidemiological, clinical, laboratory, treatment and evolution. Strains were typified by sequencing of the emm gene. Chromosomal profiles were obtained by digestion of the DNA. with the Smal enzyme. Presence of SpeB, SpeA and SpeC genes and susceptibility to antibiotics were performed. Results: Admissions rate: 3.98/10,000. 22 patients were included; osteoarticular infection (n = 11), pleuropulmonary infection (n = 6), non-cutaneous abscess (n = 4) and blood isolation (n = 1). Mean age: 44 months; 8 cases were severe, their mean age was lower (16 months). All pneumonia cases were severe and one patient died. Twelve strains were sequenced: 5 emm1 (4 emm1.29 and 1 emm1) and 1 of each: emm6.4, emm81, emm 12, emm28, emm 22, emm 87, emm 11. All were SpeB+. Toxin profiles: SpeA+SpeC-Ssa-(5), SpeA-SpeC+Ssa-(4) SpeA-SpeC-Ssa-(2) and SpeA-SpeC+Ssa+(2). Conclusions: This study allows to give continuity to a previous study. Greater typing of GAS was achieved, which may contribute to its molecular clinical knowledge. There was no record of patients diagnosed with TSS or necrotizing fascitis, unlike the previous series.

Utilidad del panel FilmArray® BCID en la detección de bacteriemia: estudio multicéntrico latinoamericano / Usefulness of the FilmArray® BCID panel in the detection of bacteremia: Latin American multicenter study

Resumen Los objetivos de este estudio fueron determinar el desempeño del panel BCID de FilmArray® y establecer el impacto de estos resultados en el tratamiento antimicrobiano de pacientes con bacteriemia en 11 hospitales de Latinoamérica. Se incluyeron 397 episodios de bacteriemia y se documentaron 551 microorganismos aislados de hemocultivos. La identificación microbiana fue correcta en el 91,4% (504/551) de los aislados y en el 98,6% (504/511) si se consideran solo los microorganismos incluidos en el panel BCID. La sensibilidad en la detección de los genes mecA, vanA/B y blaKPC fue del 100% y la especificidad fue del 97%, 100% y 99,6% respectivamente. La notificación temprana del resultado permitió cambios terapéuticos en 242 episodios (60,9%). El panel BCID es un método confiable y rápido para la detección de mecanismos críticos de resistencia y de los microorganismos más frecuentemente aislados de bacteriemias y permite la optimización temprana del tratamiento antimicrobiano.

Abstract The objectives of this study were to determine the performance of the BCID panel and to establish the impact of these results on the antimicrobial treatment of patients with bacteremia in 11 hospitals in Latin America. Three hundred and ninety-seven episodes of bacteremia were included and 551 microorganisms isolated from blood cultures were documented. Microbial identification was correct in 91.4% (504/551) of the isolates and in 98.6% (504/511) if only the microorganisms included in the BCID panel are considered. The sensitivity in the detection of the genes mecA, vanA/B and blaKPC was 100% and the specificity was 97%, 100% and 99.6% respectively. Early notification of the outcome allowed therapeutic changes in 242 episodes (60.9%). The BCID panel is a reliable and rapid method for the detection of critical resistance mechanisms and of the microorganisms most frequently isolated from bacteremia and it enables early optimisation of antimicrobial treatment.

Resumo Os objetivos deste estudo foram determinar o desempenho do painel BCID do FilmArray® e estabelecer o impacto desses resultados no tratamento antimicrobiano de pacientes com bacteremia em 11 hospitais da América Latina. Trezentos e noventa e sete episódios de bacteremia foram incluídos e 551 microrganismos isolados de hemoculturas foram documentados. A identificação microbiana foi correta em 91,4% (504/551) dos isolados e em 98,6% (504/511) considerando apenas os microrganismos incluídos no painel BCID. A sensibilidade na detecção dos genes mecA, vanA/B e blaKPC foi de 100% e a especificidade foi de 97%, 100% e 99,6% respectivamente. A notificação precoce do desfecho permitiu mudanças terapêuticas em 242 episódios (60,9%). O painel BCID é um método confiável e rápido para a detecção de mecanismos críticos de resistência e dos microrganismos mais frequentemente isolados da bacteremia e permite a otimização precoce do tratamento antimicrobiano.

Neumonía necrotizante en niños: 10 años de experiencia en un hospital pediátrico de referencia / Necrotizing pneumonia in children: 10 years of experience in a Pediatric Reference Hospital / Pneumonia necrosante em crianças: 10 anos de experiência em um Hospital Pediátrico de Referência

Resumen: Introducción: neumonía necrotizante (NN) es una complicación frecuente en niños hospitalizados por neumonía adquirida en la comunidad (NAC), caracterizada por importante morbilidad. En 2009, se elaboró una definición de caso, que permitió unificar criterios y racionalizar recursos en la asistencia de estos niños. Objetivo: describir características clínicas y evolutivas de niños que desarrollaron NN en los últimos 10 años. Metodología: estudio descriptivo de niños hospitalizados por NN entre 1/1/2009 y 31/12/2018. Definición de caso: neumatoceles y uno o más de los siguientes criterios: mal estado general, fiebre persistente o recurrente, leucocitosis mayor a 30.000 o menor a 5.000/mm3, proteína C reactiva mayor a 120 mg/dl, láctico deshidrogenasa en líquido pleural mayor a 2.500 UI/L y/o fístula broncopleural (FBP). Se describieron características epidemiológicas, clínicas, etiológicas y evolutivas. Resultados: se diagnosticó NN en 197 niños (7,92% de las hospitalizaciones por NAC), con número anual de casos y tasas/10.000 egresos variables. La mediana de edad fue de 25 meses; 89,8% eran sanos. La fiebre previa al diagnóstico tuvo mediana de cinco días. Tenían neumonía multilobar 58%, insuficiencia respiratoria 62%, sepsis 19%, empiema 80% y fístula bronquio-pleural 51%. Persistieron con fiebre mediana por siete días. Requirieron cuidados intensivos 46% y asistencia ventilatoria mecánica 18%. Los reactantes de fase aguda al ingreso fueron elevados. Se identificó agente etiológico en 102 casos, S. pneumoniae en 92. Fallecieron dos niños. Conclusiones: NN fue una complicación frecuente en niños hospitalizados por NAC. La presentación clínica y la evolución fueron graves. La identificación etiológica fue elevada, la mayoría correspondió a S. pneumoniae. La mortalidad fue baja.

Summary: Introduction: necrotizing pneumonia (NP) is a complication of community-acquired pneumonia (CAP) in hospitalized children, with significantly high morbidity. A case definition was devised in 2009, which enabled physicians to unify criteria and rationalize resources for the assistance of children with NP. Objective: describe clinical characteristics and evolution of children who developed NP. Methodology: descriptive study, NP hospitalized children between 1/1/2009 and 12/31/2018. Case definition: pneumatoceles and one or more of the following criteria: malaise, persistent/recurrent fever, white blood cell count over 30,000 or less than 5.000/mm3, C-reactive protein over 120 mg/dL, lactic dehydrogenase in pleural fluid over 2,500UI/L and/or bronchopleural fistula (BPF). Clinical, epidemiological, etiological and evolutionary characteristics were described. Results: NP was diagnosed in 197 children (7.92% of CAP hospitalizations), with variable annual cases and annual rate/10,000 discharges. Children had a median age of 25 months; 89.8% were previously healthy. They presented fever prior to diagnosis, median 5 days, multilobar pneumonia 58%, respiratory failure 62%, sepsis 19%, empyema 80% and BPF 51%, persistent fever median 7 days. 46% required intensive care and 18% required assisted mechanical ventilation. Acute phase reactants on admission were high. An etiological agent was identified in 102 cases, S.pneumoniae in 92. Two children died. Conclusions: NP was a frequent complication in CAP hospitalized children. Clinical presentation and evolution were severe. The etiological identification was high, most of them corresponded to S. pnuemoniae. Mortality was low.

Resumo: Introdução: a pneumonia necrosante (PN) é uma complicação da pneumonia adquirida na comunidade (PAC) em crianças hospitalizadas, com morbidade significativamente elevada. Em 2009, elaborou-se uma definição de caso, que possibilitou aos médicos unificar critérios e racionalizar recursos para o atendimento à criança com PN. Objetivo: descrever as características clínicas e evolutivas de crianças que desenvolveram PN nos últimos 10 anos. Metodologia: estudo descritivo de crianças internadas por PN entre 01/01/2009 e 31/12/2018. Definição de caso: pneumatoceles e um ou mais dos seguintes critérios: mau estado geral, febre persistente ou recorrente, leucocitose superior a 30.000 ou inferior a 5.000 / mm3, proteína C reativa superior a 120 mg / dl, desidrogenase láctica no líquido pleural superior 2.500 UI / L e / ou fístula broncopleural (BPF). Descreveram-se características epidemiológicas, clínicas, etiológicas e evolutivas. Resultados: a PN foi diagnosticada em 197 crianças (7,92% das internações por PAC), com número de casos e taxas anuais variáveis/10.000 altas. A idade média foi de 25 meses; 89,8% eram saudáveis. A febre antes do diagnóstico teve uma mediana de 5 dias. Eles tinham 58% de pneumonia multilobar, 62% de insuficiência respiratória, 19% de sepse, 80% de empiema e 51% de FBP. Eles persistiram com febre mediana por 7 dias. 46% necessitaram de cuidados intensivos e 18% de assistência ventilatória mecânica. Os reagentes de fase aguda na admissão foram elevados. Em 102 casos foi identificado um agente etiológico, S. pneumoniae em 92. 2 crianças morreram. Conclusões: NP é uma complicação frequente em crianças hospitalizadas por PAC. O quadro clínico e a evolução foram graves. A identificação etiológica foi alta, a maioria correspondeu a S. pneumoniae. A mortalidade foi baixa.

Incidencia de sepsis precoz por Streptococcus agalactiae en recién nacidos del Centro Hospitalario Pereira Rossell en el período 2007-2015 / Incidence of group B streptococcal early-onset sepsis in infants born at Centro Hospitalario Pereira Rossell between 2007-2015

Resumen Introducción La infección por Streptococcus agalactiae (β-hemolítico del grupo B (SGB) continúa siendo una de las principales causas de sepsis precoz en países desarrollados a pesar de la implementación de profilaxis efectiva. Objetivos Describir la incidencia, características clínicas y mortalidad de sepsis precoz por SGB en recién nacidos del Centro Hospitalario Pereira Rossell (CHPR), y analizar las fallas de adherencia a las estrategias de prevención. Métodos Estudio retrospectivo de descripción de casos entre los años 2007 a 2015 identificados a partir de la base de datos del laboratorio de bacteriología. Resultados Se identificaron 15 casos de sepsis neonatal precoz a SGB con una incidencia en el período de estudio de 0,23‰. La quimioprofilaxis intraparto no fue realizada en caso alguno. Todos los recién nacidos se presentaron sintomáticos en las primeras 15 h de vida. La dificultad respiratoria fue el signo más frecuente (80%). En un caso se aisló SGB de líquido cefalorraquídeo. La mortalidad fue de 20%. Todas las muertes ocurrieron en las primeras 24 h de vida, siendo dos tercios prematuros. Conclusión La incidencia de sepsis precoz por SGB en el CHPR fue similar a la incidencia en centros donde se realiza quimioprofilaxis. Una mejor adherencia a las estrategias de prevención podría disminuir la incidencia.

Background: Group B Streptococcus (GBS) disease remains the leading cause of early-onset sepsis (EOS) in developed countries despite effective prophylaxis strategies. Aims: To describe the incidence, clinical features and mortality of GBS EOS in infants born at Centro Hospitalario Pereira Rossell (CHPR) and analyse failure of adherence to prevention strategies. Methods: Retrospective review of EOS cases between 2007 and 2015 collected from the bacteriology laboratory database. Results: Fifteen cases of GBS EOS were identified, with an incidence of 0.23% during the study period. Intrapartum antibiotic prophylaxis (IAP) was not administered in any of the cases. All infants were symptomatic within the first 15 hours of life, mainly due to respiratory signs (80%). In one case, GBS was isolated from spinal fluid. Mortality rate was 20%. All deaths occurred in the first 24 hours of life, corresponding two thirds to preterm infants. Conclusion: The incidence of GBS EOS at CHPR was similar to other centers where IAP is implemented. Better adherence to prophylaxis strategies could reduce the incidence.

Un quinquenio de experiencia (2005-2010) con infecciones por Salmonella spp en un centro nacional de referencia en pediatría / A five-year experience with zoonotic Salmonella at a pediatric reference centre

Resumen Introducción: Salmonella sp puede causar infecciones asintomáticas, gastroenteritis, bacteriemia e infecciones focales como meningitis y osteomielitis. Objetivo: Describir aspectos microbiológicos y clínicos de las infecciones por Salmonella spp en niños en un hospital de referencia pediátrico Centro Hospitalario Pereira Rossell. Montevideo Uruguay. Material y Métodos: Estudio descriptivo y retrospectivo de pacientes en quienes se aislara Salmonella spp en el período 1 de enero de 2005 al 31 de diciembre de 2010. Resultados: Se aisló Salmonella spp en 46 niños menores de 15 años. Dieciocho eran menores de 2 años y 5 niños menores de tres meses. 24% de los pacientes presentaba factores de riesgo (infección por VIH; enfermedad hemato-oncológica, desnutrición) y co-morbilidades (bajo peso al nacer y neumonía). No hubo fallecidos. Los serotipos más frecuentes fueron: Typhimurium y Enteritidis. La mayoría de las cepas eran sensibles a ampicilina y cefalosporinas de tercera generación. Discusión: La presentación clínica predominante fue diarrea con sangre, no se presentaron brotes. Basados en los perfiles de susceptibilidad antimicrobiana, se pueden mantener las recomendaciones hasta el momento sugeridas. Conclusiones: Se debe tener en cuenta la infección por Salmonella sp en niños febriles con riesgo de enfermedad bacteriana invasora, con o sin focalidad.

Background: Salmonella can cause asymptomatic infections, diarrhea, bacteremia and focal infections such as meningitis and osteomyelitis. Aim: To describe clinical and microbiological aspects of infections by Salmonella spp. in children in a pediatric referral hospital: Centro Hospitalario Pereira Rossell, in Montevideo, Uruguay. Materials and Methods: Descriptive and retrospective study of 46 patients, from which Salmonella spp was isolated between January 1, 2005 and December 31, 2010. Results: Salmonella spp was isolated in 46 children younger than 15 years old. 18 were below 2 years old and 5 children below three months. 24% of the children had risk factors, such as HIV infection, oncological diseases and malnutrition; low birth weight and pneumonia were associated conditions. No deaths were reported. The serotypes more frequently found were: Typhimurium and Enteritidis. Most of the strains were susceptible to ampicillin and third generation of cephalosporins. Discussion: Diarrhea with blood was the predominant clinical presentation, and there were no outbreaks. Typhimurium and Enteritidis were the most common serotypes. Based on the profiles of susceptibility antimicrobial, we could maintain the same recommendations until the moment suggested. Conclusions: we must consider the Salmonella infection in febrile children under risk of an invasive bacterial disease, with or without focal infection.